Borgerkrigen i det tidligere Jugoslavien bestod samlet af en serie mindre løsrivelseskrige og etniske udrensninger i Jugoslavien og varede fra 1991 til 1999. Der havde op til krigens udbrud været mange års politiske spændinger imellem de enkelte stater og befolkningsgrupper i Jugoslavien. De egentlige krigshandlinger startede efter Slovenien og Kroatien bekendtgjorde løsrivelse fra sammenslutningen Jugoslavien, hvilket den Jugoslaviske hær og i særdeleshed den serbisk ledede regering prøvede at forhindre.

Den samlede borgerkrig bestod af den slovenske ti-dages krig, den kroatiske uafhængighedskrig, krigen i Bosnien og krigen i Kosovo. Dertil kom senere interne konflikter som den albanske konflikt og den makedonske konflikt.

Slovenien, 1991

Den slovenske ti-dages krig opstod efter en slovensk afstemning om løsrivelse i 1991, hvor Slovenien efterfølgende erklærede sig uafhængig af Jugoslavien. Efter en kort krig opgav den Jugoslaviske hær forsøg på at forhindre løsrivelsen.

Kroatien, 1991 - 1995

Kroatien lavede samtidig med Slovenien en folkeafstemning, der gav flertal for en løsrivelse, med undtagelse af Krajina-området, der lå i den sydlige del af Kroatien og som husede et flertal af serbere som befolkning. Disse serbere ønskede at blive i sammenslutningen Jugoslavien. Ved løsrivelsen gjorde Krajina-serberne derfor oprør og besatte Krajina-området.

En stor del af den kroatiske og ikke-serbiske befolkning i Krajina-området blev fordrevet eller dræbt under denne opstand. I 1992 blev FN-styrker indsat til at varetage de spinkle fredsaftaler i Kroatien og Bosnien.

I 1993 lavede den kroatiske hær et prøveangreb mod Krajina-området og efterfølgende i 1995 kom det egentlige angreb, der havde som mål at tilbageerobre Krajina, hvilket blev gennemført. I den forbindelse blev en stor del af serberne fordrevet fra Krajina og flygtede over grænsen til Bosnien. Krigen sluttede i Kroatien dette år og samtidig endte UNPROFOR missionen.

Bosnien og Herzegovina, 1992 - 1995

Krigen i Bosnien var den mest ødelæggende del af borgerkrigen, både hvad angår materiel og menneskeliv. Bosnien bestod ved krigens begyndelse i 1992 af 43% bosniske muslimer, 33% bosniske serbere, 17% bosniske kroatere og 7% andre nationaliteter. Da Bosnien var et stort, centralt landområde i det tidligere Jugoslavien, ønskede alle de 3 store befolkningsgrupper at få bestemmelse i store områder.

Denne del af borgerkrigen udviklede sig til en særdeles blodig krig om landområder, hvor der fandt massive etniske udrensninger sted. Mere end halvdelen af befolkningen i Bosnien og Herzegovina blev drevet på flugt og over 100.000 primært civile dræbt.

Kosovo, 1998 - 1999

Den albanske del af Kosovo ønskede også en løsrivelse fra resterne af Jugoslavien, der var styret af en serbisk ledelse. De serbiske styrker iværksatte en massiv udrensning for at fordrive den albanske befolkning i Kosovo og på den måde undgå en løsrivelse.

Krigen endte med at NATO iværksatte en 78 dage lang kampagne med luftangreb mod serbiske styrker og stillinger i Kosovo og Serbien. Dette fik dog de serbiske styrker til at intensivere udrensningen og forfølgelsen af kosovo-albanere. Til sidst indvilligede den serbiske præsident Slobodan Miloševic i at trække serbiske styrker ud af Kosovo. Efterfølgende vendte omkring 750.000 fordrevne kosovo-albanere tilbage til Kosovo, hvilket fik de tilbageblevne omkring 100.000 civile serbere til at flygte fra Kosovo til Serbien af frygt for hævnaktioner.

Makedonien, 2001

Makedonien løsrev sig egentligt i 1991 uden konflikter af nogen art. Dog blev landet ramt af en kortvarig borgerkrig i 2001, hvor albanere forsøgte at erobre landområder til et selvstændigt Albanien. Konflikten varede nogle måneder og endte relativt fredeligt med en politisk løsning.